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<div style="display:none !important;display:none;visibility:hidden;mso-hide:all;font-size:1px;color:#ffffff;line-height:1px;height:0px;max-height:0px;opacity:0;overflow:hidden;">
Hi Peter, If you share the following I can take a look tonight: 1) screenshot of “ls” in your problem directory 2) your setup command 3) the full output and error streams of your compilation command (e. g. , make 2>&1 compile. txt As an</div>
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  <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" width="100%" style="padding: 16px 0px 16px 0px; direction: ltr" ><tr><td>
    <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" style="padding: 0px 10px 5px 6px; width: 100%; border-radius:4px; border-top:4px solid #90a4ae;background-color:#D0D8DC;"><tr><td valign="top">
      <table align="left" border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" style="padding: 4px 8px 4px 8px">
        <tr><td style="color:#000000; font-family: 'Arial', sans-serif; font-weight:bold; font-size:14px; direction: ltr">
          This Message Is From an External Sender
        </td></tr>
        <tr><td style="color:#000000; font-weight:normal; font-family: 'Arial', sans-serif; font-size:12px; direction: ltr">
          This message came from outside your organization.
        </td></tr>

      </table>

    </td></tr></table>
  </td></tr></table>
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<![if !((ie)|(mso))]>
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    <div id="pfptBanner4xrah5s" style="all: unset !important; float:left !important; display:block !important; margin: 0px 0px 1px 0px !important; max-width: 600px !important;">
      <div id="pfptBanner4xrah5s" style="all: unset !important; display:block !important; visibility: visible !important; background-color: #D0D8DC !important; color:#000000 !important; color:#000000; font-family: 'Arial', sans-serif !important; font-family: 'Arial', sans-serif; font-weight:bold !important; font-weight:bold; font-size:14px !important; line-height:18px !important; line-height:18px">
        This Message Is From an External Sender
      </div>
      <div id="pfptBanner4xrah5s" style="all: unset !important; display:block !important; visibility: visible !important; background-color: #D0D8DC !important; color:#000000 !important; color:#000000; font-weight:normal; font-family: 'Arial', sans-serif !important; font-family: 'Arial', sans-serif; font-size:12px !important; line-height:18px !important; line-height:18px; margin-top:2px !important;">
This message came from outside your organization.
      </div>

    </div>

    <div style="clear: both !important; display: block !important; visibility: hidden !important; line-height: 0 !important; font-size: 0.01px !important; height: 0px"> </div>
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<div style="display:none !important;display:none;visibility:hidden;mso-hide:all;font-size:1px;color:#ffffff;line-height:1px;height:0px;max-height:0px;opacity:0;overflow:hidden;">ZjQcmQRYFpfptBannerEnd</div>
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<html><head><!-- BaNnErBlUrFlE-HeAdEr-start -->
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<!-- BaNnErBlUrFlE-HeAdEr-end -->
<meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"></head><body dir="auto">Hi Peter,<div><br></div><div>If you share the following I can take a look tonight:</div><div>1) screenshot of “ls” in your problem directory</div><div>2) your setup command</div><div>3) the full output and error streams of your compilation command (e.g., <font face="American Typewriter">make 2>&1 compile.txt</font></div><div><br></div><div>As an aside, thanks to Kiya for your kind contributions to this thread! I’m sure what you've provided will be useful in the future too!</div><div><br></div><div>Best wishes,</div><div>Ryan</div><div><br><div dir="ltr">Sent from my iPhone</div><div dir="ltr"><br><blockquote type="cite">On Aug 26, 2024, at 1:53 PM, Peter Manzella <peter.manzella@maine.edu> wrote:<br><br></blockquote></div><blockquote type="cite"><div dir="ltr"><!-- BaNnErBlUrFlE-HeAdEr-start -->
<style>#pfptBanneruofycud { color-scheme: revert !important; writing-mode: revert !important; -webkit-ruby-position: revert !important; color: revert !important; font-family: revert !important; font-feature-settings: revert !important; font-kerning: revert !important; font-optical-sizing: revert !important; font-palette: revert !important; font-size: revert !important; font-size-adjust: revert !important; font-stretch: revert !important; font-style: revert !important; font-synthesis-small-caps: revert !important; font-synthesis-style: revert !important; font-synthesis-weight: revert !important; font-variant-alternates: revert !important; font-variant-caps: revert !important; font-variant-east-asian: revert !important; font-variant-ligatures: revert !important; font-variant-numeric: revert !important; font-variant-position: revert !important; font-variation-settings: revert !important; font-weight: revert !important; text-orientation: revert !important; text-rendering: revert !important; zoom: revert !important; -webkit-font-smoothing: revert !important; -webkit-locale: revert !important; -webkit-text-size-adjust: revert !important; -webkit-text-zoom: revert !important; letter-spacing: revert !important; accent-color: revert !important; align-content: revert !important; align-items: revert !important; align-self: revert !important; align-tracks: revert !important; alignment-baseline: revert !important; alt: revert !important; animation-composition: revert !important; animation: revert !important; appearance: revert !important; aspect-ratio: revert !important; backface-visibility: revert !important; background-attachment: revert !important; background-blend-mode: revert !important; background-image: revert !important; background-position: revert !important; background-repeat: revert !important; background-size: revert !important; baseline-shift: revert !important; border-collapse: revert !important; border: revert !important; box-sizing: revert !important; break-after: revert !important; break-before: revert !important; break-inside: revert !important; buffered-rendering: revert !important; caption-side: revert !important; caret-color: revert !important; clear: revert !important; clip: revert !important; clip-path: revert !important; clip-rule: revert !important; color-interpolation: revert !important; color-interpolation-filters: revert !important; column-count: revert !important; column-fill: revert !important; column-gap: revert !important; column-rule-color: revert !important; column-rule-style: revert !important; column-rule-width: revert !important; column-span: revert !important; column-width: revert !important; contain: revert !important; container-name: revert !important; container-type: revert !important; content: revert !important; content-visibility: revert !important; counter-increment: revert !important; counter-reset: revert !important; cursor: revert !important; cx: revert !important; cy: revert !important; dominant-baseline: revert !important; empty-cells: revert !important; fill: revert !important; fill-opacity: revert !important; fill-rule: revert !important; filter: revert !important; flex: revert !important; flex-flow: revert !important; float: revert !important; flood-color: revert !important; flood-opacity: revert !important; glyph-orientation-horizontal: revert !important; glyph-orientation-vertical: revert !important; grid: revert !important; grid-column-end: revert !important; grid-column-start: revert !important; grid-row-end: revert !important; grid-row-start: revert !important; hanging-punctuation: revert !important; image-orientation: revert !important; image-rendering: revert !important; input-security: revert !important; isolation: revert !important; justify-content: revert !important; justify-items: revert !important; justify-self: revert !important; justify-tracks: revert !important; kerning: revert !important; leading-trim: revert !important; lighting-color: revert !important; line-break: revert !important; line-height: revert !important; list-style: revert !important; margin-trim: revert !important; marker: revert !important; mask: revert !important; mask-size: revert !important; mask-type: revert !important; masonry-auto-flow: revert !important; math-style: revert !important; mix-blend-mode: revert !important; object-fit: revert !important; object-position: revert !important; offset-anchor: revert !important; offset-distance: revert !important; offset-path: revert !important; offset-position: revert !important; offset-rotate: revert !important; order: revert !important; orphans: revert !important; outline: revert !important; outline-offset: revert !important; overflow-anchor: revert !important; overflow-wrap: revert !important; overflow: revert !important; page: revert !important; paint-order: revert !important; perspective: revert !important; perspective-origin: revert !important; pointer-events: revert !important; position: revert !important; print-color-adjust: revert !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<div style="display:none !important;display:none;visibility:hidden;mso-hide:all;font-size:1px;color:#ffffff;line-height:1px;height:0px;max-height:0px;opacity:0;overflow:hidden;">
OK, that makes more sense, I'll need to make sure those are in the file, not command line. I went to setup after adding those, and have this error, its related to equation of state, and I haven't been able to find anything in documentation</div>
<!-- Preheader Text : END -->

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  <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" width="100%" style="padding: 16px 0px 16px 0px; direction: ltr" ><tr><td>
    <table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" style="padding: 0px 10px 5px 6px; width: 100%; border-radius:4px; border-top:4px solid #90a4ae;background-color:#D0D8DC;"><tr><td valign="top">
      <table align="left" border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" style="padding: 4px 8px 4px 8px">
        <tr><td style="color:#000000; font-family: 'Arial', sans-serif; font-weight:bold; font-size:14px; direction: ltr">
          This Message Is From an External Sender
        </td></tr>
        <tr><td style="color:#000000; font-weight:normal; font-family: 'Arial', sans-serif; font-size:12px; direction: ltr">
          This message came from outside your organization.
        </td></tr>

      </table>

    </td></tr></table>
  </td></tr></table>
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        This Message Is From an External Sender
      </div>
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This message came from outside your organization.
      </div>

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<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:monospace;font-size:large">OK, that makes more sense, I'll need to make sure those are in the file, not command line. I went to setup after adding those, and have this error, its related to equation of state, and I haven't been able to find anything in documentation about it. </div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace;font-size:large"><div><image.png></div><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace;font-size:large">This is the sort of thing that is frustrating, not being able to find where I need to look to troubleshoot. I tried using grep to find it, I've looked in the documentation link you sent me (I already knew about that, but it wasn't helpful beyond the quick start), but couldn't find it. Is this more of a thornado issue? Cause like I said I'm not super acquainted with large codes that require so many moving pieces.<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Aug 26, 2024 at 2:28 PM kiyarash Taghiniyarami <<a href="mailto:kiyarash.niyarami@gmail.com">kiyarash.niyarami@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear Peter,<br>These are not for command line (If you mean "command line" as setup for configuring a new run).<br>Before setup you need to make a directory in the Simulation unit (/source/Simulation/SimulationMain). In that directory you need some codes such as Simulation_data.F90, Simulation_init.F90, Simulation_initBlock.F90, and etc.<br>Say you need the "Half" variable in the Simulation_initBlock.F90. you can call it by KindModule from Thornado if you write the following in that fortran code:<br>Use KindModule, only: Half<br>so you can use the "Half" anywhere in that Simulation_initBlock.F90. It has nothing to do with typing in the command line and hitting enter.<br>If I understand correctly what you mean, there are some setup variables you can type in the command line (such as nxb,nyb, swE,nE and etc.) which are different from modules. setup variables can be set up in Config files in any physics subdirectories.<br><br>There is documentation for Flashx as well: <a href="https://urldefense.us/v3/__https://flash-x.github.io/Flash-X-docs/*__;Iw!!G_uCfscf7eWS!cy5tKVb9Qwu2rLLCi1LNfkq2D5uVYlmB4FWF6x2Pvqvq1OrrRPvzAwx-yFHLivQcBbWQTRySdjTQzVXdJjzC_Qh1vl2zpGdoLrGAwyOT$" target="_blank">https://flash-x.github.io/Flash-X-docs/#</a><br><br>Kind regards,<br>Kiya<br><br></div>
</blockquote></div><br clear="all"><br><span class="gmail_signature_prefix">-- </span><br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>Peter Manzella<br></div><div>PhD Candidate, Department of Physics and Astronomy</div><div>309 Bennett Hall</div><div>University of Maine</div><div><a href="mailto:peter.manzella@maine.edu" target="_blank">peter.manzella@maine.edu</a></div><div><br></div><div><font face="arial, sans-serif">“If you run out of ideas follow the road; you'll get there.” – Edgar Allan Poe</font><br></div></div></div>
<span>-- </span><br><span>Flash-X-users mailing list</span><br><span>Flash-X-users@lists.cels.anl.gov</span><br><span><a href="https://urldefense.us/v3/__https://lists.cels.anl.gov/mailman/listinfo/flash-x-users__;!!G_uCfscf7eWS!c_DNIsOC0RoclX6U8T31ymMHHzFV4jyJILmjVZGAO4B3WlP3otYoyn5CQwSV7EdSzz2UN1oKxL9xVC-tsUHlPh932DwV4-FYhA$">https://lists.cels.anl.gov/mailman/listinfo/flash-x-users</a></span><br></div></blockquote></div></body></html>