<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small">​Yup, I got it working last night before following up! The ability to get the exact C compiler command is precisely what the doctor ordered. I found it by reading the man page, but thanks for following up to help me just in case.</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small">Best,<br>George</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small">​</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>George K. Thiruvathukal, PhD<br></div><div style="font-size:12.7272720336914px"><div style="font-size:12.7272720336914px"><i style="font-size:12.7272720336914px">Professor of Computer Science</i><span style="font-size:12.7272720336914px">, Loyola University Chicago</span><br></div><div style="font-size:12.7272720336914px"><span style="font-size:12.7272720336914px"><i>Director</i>, Center for Textual Studies and Digital Humanities</span></div><div style="font-size:12.7272720336914px"><span style="font-size:12.7272720336914px"><i>Guest Faculty</i>, Argonne National Laboratory, Math and Computer Science Division</span></div><div style="font-size:12.7272720336914px"><div style="font-size:12.7272720336914px">Editor in Chief, <a href="http://www.computer.org/portal/web/computingnow/cise" target="_blank">Computing in Science and Engineering</a> (IEEE CS/AIP)<br></div><div><span style="font-size:12.7272720336914px">(w) <a href="http://gkt.tv/" target="_blank">gkt.tv</a> </span><span style="font-size:12.7272720336914px">(v) 773.829.4872</span><br></div><div><span style="font-size:12.7272720336914px"><br></span></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Sun, Nov 2, 2014 at 11:42 AM, Boisvert, Sebastien <span dir="ltr"><<a href="mailto:boisvert@anl.gov" target="_blank">boisvert@anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">> From: George K. Thiruvathukal [<a href="mailto:gkt@cs.luc.edu">gkt@cs.luc.edu</a>]<br>
> Sent: Saturday, November 01, 2014 9:22 PM<br>
> To: Boisvert, Sebastien<br>
> Cc: <a href="mailto:biosal@lists.cels.anl.gov">biosal@lists.cels.anl.gov</a><br>
> Subject: Re: [BIOSAL] question about Thorium build options<br>
<span class="">><br>
><br>
><br>
><br>
> ​I've mostly figured out how to get things working with CDT but it still doesn't work. I'll keep trying tomorrow (during whatever free cycles I have). Because we depend on mpicc to build the code, however, it makes things much more complicated. You can't rely<br>
>  completely on make, except for the building part. Most of these IDEs still want to know the underlying toolchain. Perhaps I can trick CDT by getting mpicc to show what command it is actually running under the hood.<br>
<br>
</span>Actually, mpicc is just a wrapper.<br>
<br>
With MPICH:<br>
<br>
[seb@localhost biosal]$ mpicc -show<br>
cc -m64 -O2 -fPIC -Wl,-z,noexecstack -I/usr/include/mpich-x86_64 -L/usr/lib64/mpich/lib -Wl,-rpath -Wl,/usr/lib64/mpich/lib -lmpich -lopa -lmpl -lrt -lpthread<br>
<br>
<br>
With Open-MPI:<br>
<br>
[seb@localhost ~]$ mpicc -showme<br>
gcc -I/usr/include/openmpi-x86_64 -pthread -m64 -L/usr/lib64/openmpi/lib -lmpi<br>
<br>
<br>
You can probably set CC as gcc in CDT and add these CFLAGS to find MPICH or Open-MPI.<br>
<span class=""><br>
><br>
><br>
> Perhaps we can spend a bit of time discussing this on Wednesday. I personally feel like I (and probably others) would be more productive if we can use modern tools to develop Thorium programs. I'm able to do quite a bit with vim/emacs and friends (and often<br>
>  prefer this once I get more fluent with a code base) but think it would be great if we can support CDT "out of box" so to speak.<br>
<br>
</span>Sure.<br>
<br>
But I don't know CDT at all.<br>
I use vim for software programming and gvim for email.<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
><br>
><br>
> George<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> Anyway, I'm going to put this on our agenda for Wednesday. I've spent a substn​<br>
><br>
><br>
><br>
> George K. Thiruvathukal, PhD<br>
><br>
> Professor of Computer Science, Loyola University Chicago<br>
><br>
> Director, Center for Textual Studies and Digital Humanities<br>
> Guest Faculty, Argonne National Laboratory, Math and Computer Science Division<br>
> Editor in Chief, Computing in<br>
>  Science and Engineering (IEEE CS/AIP)<br>
><br>
> (w) <a href="http://gkt.tv" target="_blank">gkt.tv</a> (v)<br>
>  773.829.4872<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> On Sat, Nov 1, 2014 at 8:52 PM, Boisvert, Sebastien<br>
> <<a href="mailto:boisvert@anl.gov">boisvert@anl.gov</a>> wrote:<br>
><br>
> > From:<br>
> <a href="mailto:biosal-bounces@lists.cels.anl.gov">biosal-bounces@lists.cels.anl.gov</a> [<a href="mailto:biosal-bounces@lists.cels.anl.gov">biosal-bounces@lists.cels.anl.gov</a>] on behalf of George<br>
>  K. Thiruvathukal [<a href="mailto:gkt@cs.luc.edu">gkt@cs.luc.edu</a>]<br>
> > Sent: Saturday, November 01, 2014 5:40 PM<br>
> > To:<br>
> <a href="mailto:biosal@lists.cels.anl.gov">biosal@lists.cels.anl.gov</a><br>
> > Subject: [BIOSAL] question about Thorium build options<br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> > This is probably for Seb.<br>
> ><br>
> ><br>
> > I have a crazy question to ask that probably has an answer of "no", but I'll ask anyway. Is it possible to build Thorium without MPI.<br>
><br>
> Right now, this is not possible.<br>
><br>
> However, there is a ticket for adding a build option to disable the transport subsystem.<br>
><br>
> <a href="https://github.com/GeneAssembly/biosal/issues/555" target="_blank">https://github.com/GeneAssembly/biosal/issues/555</a> (August 13, 2014)<br>
><br>
> > That is, is there a way to compile/run Thorium for use on a standalone system (ok, my Linux box) and have the workers run as<br>
> >  processes and all communication be done using shared memory (or Unix sockets)?<br>
><br>
> If you run with mpiexec -n 4 with local processes, Open-MPI uses the BTL vader or sm by default to send messages between processes.<br>
><br>
> With MPICH 3.1.1, I think poll() is used, I don't know more about that.<br>
><br>
> > As an experiment, I was trying to run make CC=gcc, but I quickly ran into the MPI dependency when trying to build the transport, which presumably is hard-wired into the build process<br>
> >  at the moment.<br>
><br>
> Only thorium_node (node.c) knows about the transport. Disabling transport would not be too  complex I think: a couple of idef, and some conditions in the Makefile.mk in<br>
> engine/thorium/.<br>
><br>
> ><br>
> ><br>
> > In case you are wondering, I am looking at a couple of C IDEs (notably CodeLite, Eclipse CDT, and NetBeans).<br>
><br>
> I did use Eclipse CDT for reviewing some biosal code  and I liked it. You can "Go to definition" and other fancy options like that.<br>
> That's easy.<br>
><br>
> > None of these projects does terribly well unless the code can compile directly with gcc, clang, and friends.<br>
><br>
><br>
> A few years ago, I heard good things about kdevelop.<br>
><br>
> On my side, I mostly just use vim.<br>
><br>
> > I will be happy to share more details of<br>
> >  why I'm looking into this later, but it seems like a great productivity enabler for Thorium if we can make it possible to work with it within an IDE. (There is also the Eclipse Parallel Tools Project, but I don't want to go down that road until it is absolutely<br>
> >  necessary. It's kind of a heavyweight solution!)<br>
><br>
> Right, I think figuring out how to invoke "make" from CDT would solve that.<br>
><br>
><br>
> ><br>
> ><br>
> > George<br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> > George K. Thiruvathukal, PhD<br>
> ><br>
> > Professor of Computer Science, Loyola University Chicago<br>
> ><br>
> > Director, Center for Textual Studies and Digital Humanities<br>
> > Guest Faculty, Argonne National Laboratory, Math and Computer Science Division<br>
> > Editor in Chief, Computing in<br>
> >  Science and Engineering (IEEE CS/AIP)<br>
> ><br>
> > (w)<br>
> <a href="http://gkt.tv" target="_blank">gkt.tv</a> (v)<br>
> >  773.829.4872<br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>