<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small">​I've mostly figured out how to get things working with CDT but it still doesn't work. I'll keep trying tomorrow (during whatever free cycles I have). Because we depend on mpicc to build the code, however, it makes things much more complicated. You can't rely completely on make, except for the building part. Most of these IDEs still want to know the underlying toolchain. Perhaps I can trick CDT by getting mpicc to show what command it is actually running under the hood.</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small">Perhaps we can spend a bit of time discussing this on Wednesday. I personally feel like I (and probably others) would be more productive if we can use modern tools to develop Thorium programs. I'm able to do quite a bit with vim/emacs and friends (and often prefer this once I get more fluent with a code base) but think it would be great if we can support CDT "out of box" so to speak.</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small">George</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small">Anyway, I'm going to put this on our agenda for Wednesday. I've spent a substn​</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>George K. Thiruvathukal, PhD<br></div><div style="font-size:12.7272720336914px"><div style="font-size:12.7272720336914px"><i style="font-size:12.7272720336914px">Professor of Computer Science</i><span style="font-size:12.7272720336914px">, Loyola University Chicago</span><br></div><div style="font-size:12.7272720336914px"><span style="font-size:12.7272720336914px"><i>Director</i>, Center for Textual Studies and Digital Humanities</span></div><div style="font-size:12.7272720336914px"><span style="font-size:12.7272720336914px"><i>Guest Faculty</i>, Argonne National Laboratory, Math and Computer Science Division</span></div><div style="font-size:12.7272720336914px"><div style="font-size:12.7272720336914px">Editor in Chief, <a href="http://www.computer.org/portal/web/computingnow/cise" target="_blank">Computing in Science and Engineering</a> (IEEE CS/AIP)<br></div><div><span style="font-size:12.7272720336914px">(w) <a href="http://gkt.tv/" target="_blank">gkt.tv</a> </span><span style="font-size:12.7272720336914px">(v) 773.829.4872</span><br></div><div><span style="font-size:12.7272720336914px"><br></span></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Sat, Nov 1, 2014 at 8:52 PM, Boisvert, Sebastien <span dir="ltr"><<a href="mailto:boisvert@anl.gov" target="_blank">boisvert@anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">> From: <a href="mailto:biosal-bounces@lists.cels.anl.gov">biosal-bounces@lists.cels.anl.gov</a> [<a href="mailto:biosal-bounces@lists.cels.anl.gov">biosal-bounces@lists.cels.anl.gov</a>] on behalf of George K. Thiruvathukal [<a href="mailto:gkt@cs.luc.edu">gkt@cs.luc.edu</a>]<br>
> Sent: Saturday, November 01, 2014 5:40 PM<br>
> To: <a href="mailto:biosal@lists.cels.anl.gov">biosal@lists.cels.anl.gov</a><br>
> Subject: [BIOSAL] question about Thorium build options<br>
<span class="">><br>
><br>
><br>
><br>
> This is probably for Seb.<br>
><br>
><br>
> I have a crazy question to ask that probably has an answer of "no", but I'll ask anyway. Is it possible to build Thorium without MPI.<br>
<br>
</span>Right now, this is not possible.<br>
<br>
However, there is a ticket for adding a build option to disable the transport subsystem.<br>
<br>
<a href="https://github.com/GeneAssembly/biosal/issues/555" target="_blank">https://github.com/GeneAssembly/biosal/issues/555</a> (August 13, 2014)<br>
<span class=""><br>
> That is, is there a way to compile/run Thorium for use on a standalone system (ok, my Linux box) and have the workers run as<br>
>  processes and all communication be done using shared memory (or Unix sockets)?<br>
<br>
</span>If you run with mpiexec -n 4 with local processes, Open-MPI uses the BTL vader or sm by default to send messages between processes.<br>
<br>
With MPICH 3.1.1, I think poll() is used, I don't know more about that.<br>
<span class=""><br>
> As an experiment, I was trying to run make CC=gcc, but I quickly ran into the MPI dependency when trying to build the transport, which presumably is hard-wired into the build process<br>
>  at the moment.<br>
<br>
</span>Only thorium_node (node.c) knows about the transport. Disabling transport would not be too  complex I think: a couple of idef, and some conditions in the Makefile.mk in<br>
engine/thorium/.<br>
<span class=""><br>
><br>
><br>
> In case you are wondering, I am looking at a couple of C IDEs (notably CodeLite, Eclipse CDT, and NetBeans).<br>
<br>
</span>I did use Eclipse CDT for reviewing some biosal code  and I liked it. You can "Go to definition" and other fancy options like that.<br>
That's easy.<br>
<span class=""><br>
> None of these projects does terribly well unless the code can compile directly with gcc, clang, and friends.<br>
<br>
<br>
</span>A few years ago, I heard good things about kdevelop.<br>
<br>
On my side, I mostly just use vim.<br>
<span class=""><br>
> I will be happy to share more details of<br>
>  why I'm looking into this later, but it seems like a great productivity enabler for Thorium if we can make it possible to work with it within an IDE. (There is also the Eclipse Parallel Tools Project, but I don't want to go down that road until it is absolutely<br>
>  necessary. It's kind of a heavyweight solution!)<br>
<br>
</span>Right, I think figuring out how to invoke "make" from CDT would solve that.<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
><br>
><br>
> George<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> George K. Thiruvathukal, PhD<br>
><br>
> Professor of Computer Science, Loyola University Chicago<br>
><br>
> Director, Center for Textual Studies and Digital Humanities<br>
> Guest Faculty, Argonne National Laboratory, Math and Computer Science Division<br>
> Editor in Chief, Computing in<br>
>  Science and Engineering (IEEE CS/AIP)<br>
><br>
> (w) <a href="http://gkt.tv" target="_blank">gkt.tv</a> (v)<br>
>  773.829.4872<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>